Индекс волшебства

События происходят в Академия-Сити - технологически развитом городе, расположенном к западу от Токио. В нём обучают эсперов, людей, чьи способности были усовершенствованы с помощью научных методов. Наряду с эсперами в этом мире существует и магия, имеющая собственную структуру и правила. Тома Камидзё - ученик Академия-Сити. Его правая рука обладает силой под названием «разрушитель воображения». При касании она полностью рассеивает любые магические эффекты и способности эсперов, включая действие этой силы на удачу самого Томы.

Тома находит на перилах своего балкона девушку в монашеской одежде. Она представляется монахиней из Несессариуса - секретного магического подразделения Церкви Англии. Её имя - Индекс. В её разум были помещены 103 тысячи книг, запрещённых церковью, и это делает её объектом интереса для различных магических организаций. Встреча с Индекс и собственная необычная способность помещают Тому в центр конфликта между магами и эсперами. Дальнейшие события заставляют его участвовать в противостоянии, исход которого зависит от его силы и решений.