Ямато навсегда: Мятежник 3199

События разворачиваются сразу после миссии, описанной в фильме "Учуу Сенкан Ямато 2205: Аратанару Табидачи". Экипаж космического линкора "Ямато" возвращается на Землю после успешного выполнения задания, связанного с переселением жителей планеты Искандер. Однако вскоре командование получает новые данные о неопознанных сигналах, исходящих из отдаленного сектора галактики. Для выяснения обстоятельств собирается экспедиция, в состав которой входят как опытные офицеры, так и новые члены экипажа. Корабль оснащается дополнительным оборудованием для дальней связи и навигации, после чего отправляется к месту предполагаемого источника сигналов.

По пути следования выясняется, что сигналы имеют искусственное происхождение и связаны с деятельностью неизвестной цивилизации. Эта цивилизация использует технологию, способную влиять на гравитационные поля целых звездных систем, что создает угрозу для судоходных маршрутов Земли. Экипажу "Ямато" приходится вступить в контакт с представителями этой расы, однако переговоры заходят в тупик из-за принципиальных различий в мировоззрении. В ходе дальнейшего исследования обнаруживается, что за сигналами стоят остатки военного флота исчезнувшей державы Гатамилас, которые намереваются использовать древнее оружие для восстановления своего влияния. Ситуация осложняется тем, что активация оружия способна спровоцировать цепную реакцию в соседних секторах космоса, что приведет к масштабной катастрофе.