Югио! Тёмная сторона измерений

Юги Муто и его друзья перешли в третий класс старшей школы. Прошло полгода с момента битвы против Фараона, и теперь группа обсуждает планы на будущее. Параллельно Сэто Кайба продолжает работу над возвращением души Фараона. Для этого он заново собирает Головоломку тысячелетия, однако его действиям препятствует некий Аигами. Помимо этого, Кайба разрабатывает новую систему виртуальных дуэлей, которая может существенно изменить индустрию «Дуэльных монстров».

Сюжет разворачивается вокруг нескольких параллельных линий. Одна из них связана с повседневной жизнью Юги и его друзей, которые пытаются определиться с будущей профессией и учебой. Другая линия касается противостояния Кайбы и Аигами, чьи мотивы и цели остаются неясными. Действия Аигами напрямую влияют на попытки Кайбы восстановить Головоломку тысячелетия. Разработка новой дуэльной системы также добавляет напряженности, поскольку она способна изменить правила игры как для профессиональных дуэлянтов, так и для обычных игроков. Какое значение имеет наследие Фараона и что скрывает Аигами, становится центральной интригой продолжения.