Карточные бои Авангарда: Неоновый Мессия

События разворачиваются после завершения сериала «Карточные бои Авангарда: Товарищество легиона». Карточная игра «Авангард» стала частью повседневной жизни многих игроков, включая Айти Сэндо и Тосики Кая. Привычный порядок нарушает Такуто Тацунаги, который объявляет турнир по приглашениям для сильнейших игроков мира. Цель турнира - предотвратить разрушение мира. Главный приз - карта «Гармоничного Мессии».

Параллельно с турниром по миру происходит серия исчезновений игроков в «Авангард». За этими событиями стоит Кодзи Ибуки. Айти и Тосики пытаются выяснить его мотивы и остановить его. Им предстоит понять связь между турниром Такуто и действиями Кодзи, чтобы предотвратить катастрофу и защитить мир от разрушения.