Кланнад: Продолжение истории

События второго сезона продолжают сюжет первого. Действие происходит после летних каникул, в последнем семестре обучения Томои в старшей школе. Главный герой, Томоя Оказаки, признался в любви Нагисе Фурукаве, и они начали совместную жизнь. Их отношения развиваются на фоне обычных школьных будней и подготовки к выпускным экзаменам.

После признания пара сталкивается с новыми обстоятельствами. Совместная жизнь требует от них решения бытовых вопросов и распределения обязанностей. Постепенно в их повседневность начинают вмешиваться внешние факторы: проблемы в семье Нагисы, состояние её здоровья и нерешенные вопросы из прошлого. Эти обстоятельства создают напряжение в отношениях главных героев. Дальнейшее развитие событий показывает, как персонажи справляются с трудностями, которые проверяют их связь на прочность.