Код Гиас: Восставший Лелуш — Восстание

События второй части разворачиваются вокруг подростка Синдзи Икари, который продолжает выполнять обязанности пилота боевого робота Евангелион. К нему присоединяется новая пилотесса Аска Лэнгли Сорью, прибывшая из Европы. Вместе они отражают атаки ангелов - существ, угрожающих городу Токио-3. В этот период появляются новые модели Евангелионов и вспомогательное оборудование для их управления. Отношения между пилотами складываются непросто: Аска демонстрирует резкость и стремление к лидерству, а Синдзи проявляет неуверенность в своих силах.

В ходе очередного сражения происходит нападение ангела десятого уровня на штаб-квартиру организации Nerv. Синдзи пытается защитить свою коллегу Рей Аянами, однако её Евангелион получает серьёзные повреждения. Чтобы спасти Рей, Синдзи принимает решение действовать самостоятельно, вопреки приказам командования. Итог этой попытки приводит к запуску скрытого механизма внутри Евангелиона, что кардинально меняет ситуацию. Финал части остаётся открытым, подводя к продолжению истории.