Некий научный Рейлган S

Микото Мисака, эспер уровня 5 в Академия-Сити, узнаёт, что в детстве у неё взяли образец ДНК. Этот материал использовали для создания многочисленных клонов. Клоны выращивались с целью получить эспера уровня 6. Для этого проводились эксперименты, в ходе которых многие копии погибли. Микото относилась к клонам как к сёстрам, что делает ситуацию для неё личной.

Во втором сезоне аниме «Рейлган» показано, с какими последствиями сталкиваются Микото и её подруга Куроко Сираи. Им предстоит выяснить детали эксперимента и установить его организаторов. События происходят в Академия-Сити, где научные исследования часто выходят за рамки этики. Микото пытается остановить дальнейшие опыты и защитить оставшихся клонов. Куроко поддерживает подругу, но её возможности ограничены.