Сто девушек, которые очень-очень-очень-очень-очень сильно тебя любят 3 сезон

Главный герой - молодой человек по имени Такэру, который с детства дружит с девушкой по имени Хината. Их отношения строятся на взаимной симпатии, но Такэру не решается признаться в чувствах. В третьем сезоне сюжет разворачивается вокруг того, что Хината вынуждена уехать на год в другой город для прохождения обучения. Перед отъездом она сообщает Такэру, что хочет поговорить с ним о важном деле, но разговор прерывается из-за внезапного происшествия.

Оставшись один, Такэру пытается выяснить, что именно хотела сказать Хината. Его поиски приводят к обнаружению записей, в которых упоминается некая организация, занимающаяся исследованиями памяти. Эти записи связаны с прошлым Хинаты, о котором она никогда не рассказывала. Чтобы получить ответы, Такэру приходится объединиться с её младшей сестрой, которая знает больше, чем показывает. Постепенно выясняется, что отъезд Хинаты связан не только с обучением, но и с тайной, способной изменить их отношения.