В «Макросс Зеро» рассказывается история пилота истребителя, который участвует в войне за объединение всего человечества, разгоревшуюся после падения инопланетного космического корабля на Землю. Син Кудо — один из пилотов недавно сформированного отряда «Череп», состоящего из новейших машин VF-0. Его истребитель терпит крушение на тропическом острове, где люди живут в тесном содружестве с природой. А тем временем в этих краях разворачивается битва, исход которой должен решить судьбу всей войны.

Главный герой - старшеклассник Кэй Кусанаги, проживающий в доме своих дяди и тёти. Однажды он становится свидетелем посадки космического корабля, пилотируемого женщиной-инопланетянкой. После этого события Кэй начинает регулярно терять сознание, а вскоре выясняется, что пришелица устроилась на работу в его школу в качестве новой учительницы. Герой оказывается единственным человеком, знающим её тайну. Для того чтобы предотвратить разглашение информации о своём происхождении, инопланетянка

Кэйтаро Урасима сдал вступительные экзамены и стал студентом Тоудая. На церемонии зачисления он сломал ногу из-за несчастного случая. Этот инцидент заставил его пересмотреть свои взгляды на жизнь и поставить новые цели. После восстановления Кэйтаро отправляется вместе с Сэтой в зарубежную археологическую экспедицию. Его отсутствие оставляет пансион «Хината Урасима» без управляющего, что создает условия для дальнейших событий. Пока Кэйтаро нет, в пансионе появляется его сестра Урасима Канако.

Главный герой аниме - Сосукэ Сагара, семнадцатилетний военный специалист секретной организации «Мифрил». Его назначают телохранителем Канамэ Тидори, одной из «шепчущих», - людей с особыми способностями. Миссия Сосукэ заключается в защите девушки от угроз, связанных с ее даром. Для выполнения задачи ему предстоит пройти ряд испытаний, столкнуться с врагами из собственного прошлого и даже расследовать дело о воре трусиков в школе. Однако главная трудность для Сосукэ заключается не в боевых

Главный герой Юити Айдзава привык к постоянным переездам, связанным с работой родителей. В очередной раз они отправляются в длительную командировку в Африку, а Юити возвращается в дом своей тёти, который он посещал семь лет назад. За это время его воспоминания о жителях городка стёрлись, а прежние тёплые отношения утратили свою силу. Сам Юити изменился: он стал более циничным и жёстким по характеру. Постепенно он начинает восстанавливать в памяти утраченные эпизоды из прошлого, связанные с

Альфа [初瀬野アルファ] живёт в небольшом домике у моря и содержит маленькую кофейню. Постоянных клиентов у неё немного, но каждому из них она уделяет внимание. Из-за непредвиденных обстоятельств героине приходится оставить заведение и отправиться в путешествие. Она покидает привычное место, чтобы решить возникшие проблемы. Во время странствий Альфа посещает разные регионы и знакомится с людьми, чьи истории и поступки влияют на её дальнейший путь. Встречи с новыми персонажами постепенно раскрывают