Далёкое будущее. Земля и бо́льшая часть человечества порабощены воинственной империей [[Иллюмидус]]. Харлок [キャプテン・ハーロック] — капитан «Призрачной смерти», космического крейсера, перевозящего беженцев, один из немногих оставшихся противников тирании инопланетных захватчиков — тоже терпит поражение. Подвергшись атаке оккупационных сил Иллюмидуса, он вынужден совершить посадку на одной из захваченных врагами баз Земли. На захваченной Иллюмидусом базе Харлок встречает Тотиро Ояму [大山トチロー], который

Потягивая напиток в баре, Кобра — знаменитый преступник с мощной пушкой вместо левой руки — обращает внимание на красивую, но опасную на вид женщину. Эта женщина, Джейн Роял, привлекла также внимание Гильдии пиратов — зловещей организации, возглавляемой загадочным Кристальным парнем. Помогая Джейн скрыться от Гильдии пиратов и отыскать её пропавших сестёр, Кобра узнаёт, что в её руках, возможно, находится судьба всей галактики.