Через сто лет после инопланетного вторжения на Землю выжившие люди живут на подводных станциях, известных как Аквабазы. Эти изолированные поселения остались единственным убежищем человечества. В их числе формируется команда из пяти женщин, чьи организмы усилены кибернетическими имплантатами. Женщины проходят интенсивную подготовку, включающую боевые тренировки и тактическое планирование. Кибернетические способности позволяют им действовать эффективнее обычных бойцов, что важно для выполнения

После победы над последним Ангелом организация Nerv остается в противостоянии с группой Seele, которая стремится контролировать дальнейшие события. Синдзи Икари пребывает в подавленном состоянии и не может определиться с решением: сохранить человеческую индивидуальность или отказаться от нее в пользу коллективного единства. Командующий Nerv Гэндо Икари параллельно готовит проект совершенствования человечества, для которого использует Рей Аянами и Лилит. Его план предполагает достижение личной

Учёный Тенти встречает девушку по имени Маюка, которая представляется его дочерью. Её внезапное появление ставит перед Тенти ряд вопросов: кто её мать, откуда она пришла и какова цель её визита. Происхождение Маюки остаётся неясным, и Тенти вместе с Васю, другой героиней, пытается разобраться в этой ситуации. Васю, обладающая выдающимися научными способностями, берётся за поиск ответов. Тем временем Маюка постепенно осваивается в новом доме, и окружающим приходится привыкать к её присутствию.