Действие происходит на острове Хацунэ спустя 53 года после событий первой части. Главный герой Ёсиюки Сакураи живет по соседству с сёстрами Отомэ - внучками Дзюнъити и Нэму. В центре сюжета находится магическое дерево сакуры, которое исполняет желания. Со временем дерево начало выполнять любые просьбы, включая те, что приносят вред. Это создает угрозу для жителей острова. Ёсиюки и сёстры Отомэ выясняют причины изменения поведения дерева. Им предстоит найти способ ограничить его силу и

События разворачиваются сразу после окончания первого сезона. В центре внимания оказываются отношения Дзюнъити Асакуры с несколькими девушками, каждая из которых испытывает к нему романтические чувства. Ситуация осложняется тем, что героини знают о взаимной симпатии друг к другу и пытаются действовать осторожно. Однажды Сакура Ёсино, обладающая магическими способностями, случайно активирует зачарованную сакуру и загадывает необдуманное желание. Это действие запускает цепь событий, которые

В альтернативной версии событий аниме «С начала. Часть II» персонаж Нэму погибает. После её смерти Дзюнъити пытается подвести черту и вернуться к обычной жизни. Он сосредоточивается на будничных делах и постепенно привыкает к мысли, что нужно двигаться дальше. В этом процессе значительную роль играет Котори, которая находится рядом и предлагает начать новые отношения. Дзюнъити принимает её поддержку, но внутренне ещё не до конца готов отказаться от воспоминаний о прошлом. Его попытки